Історія навчального відділу веде свій початок з моменту створення Чернівецького державного медичного інституту – 1944  і тісно пов'язана із становленням самого вищого навчального закладу.

Із розвитком навчального закладу, його перетворення на потужний центр медичної освіти в регіоні перед навчальним відділом поставали нові завдання, втілення яких вимагало накопичення й реалізації кадрового потенціалу, розширення штату працівників за рахунок здібних молодих фахівців, технічного оснащення і переоснащення підрозділу, вивчення й запровадження передового досвіду організації навчального процесу.

Багато зусиль для становлення навчального процесу в закладі доклали перші заступники директора з навчальної та наукової роботи доценти Шульга Михайло Сидорович (1944-1945 рр.), Зотін Михайло Михайлович (1946-1957 рр.) та професор Сокол (Тарабан) Олександра Семенівна (1957-1962). З 1962 року посаду проректора з навчальної та наукової роботи обіймали професор Гудзенко Прокіп Микитович (1962-1964 рр.) та професор Липковський Василь Пилипович (1964-1968 рр.). У 1968 році проректором з навчальної роботи було призначено доцента Федорука Степана Григоровича, а з 1986 по 2000 роки цю посаду обіймав професор Сокол Андрій Миколайович.

У 2000 році першим проректором-проректором з навчальної роботи призначено професора Коломойця Михайла Юрійовича. У 2009-2011 рр. обов’язки проректора з науково-педагогічної роботи виконував професор Ахтемійчук Юрій Танасович. З серпня 2011 року по теперішній час очолює навчальну роботу доцент Геруш Ігор Васильович.

Поруч із проректорами всі ці роки пліч-о-пліч працювали начальники навчального відділу (до 1984 року – завідувачі навчальної частини): Балабушко Світлана Степанівна (у 1977-1981 рр.), Петринич Галина Йосипівна (до 2011 року), Геруш Ігор Васильович (2001-2011 рр), Ходоровський Володимир Михайлович (з 2011 року).

Сьогодні в навчальному відділі працюють досвідчені працівники – заступник  начальника навчального відділу Юрнюк Святослава Василівна, провідні фахівці Петринич Галина Йосипівна, Загарюк Наталія Антон-Михайлівна, Гараздюк Олександр Іванович, методист Сенюк Богдана Петрівна, фахівець І категорії  Жихулко Людмила Миколаївна.

Проректор з науково-педагогічної роботи Геруш І.В. з колективом навчального відділу з сектором моніторингу якості освіти та інформаційно-аналітичного забезпечення (2014 рік)
Верхній ряд – Мойсюк О.Г., Гомон-Островська О.Б., Загарюк Н.М., Жихулко Л.М., Мельничук О.М., Сенюк Б.П., Петринич Г.Й., Повар М.А.
Нижній ряд - Ткач Є.П., Ходоровський В.М., Геруш І.В., Юрнюк С.В., Перепелюк М.Д.

Метою роботи навчального відділу та усіх навчальних підрозділів університету є досягнення високої якості освіти, її результативності  та конкурентоспроможності. У зв’язку з цим проводиться значна робота щодо впровадження європейських стандартів якості освіти. Належна увага приділяється  основним складовим якості освіти: якість знань, способів вирішення завдань; якість методів  навчання і виховання; якість освіченості особистості, засвоєння знань, умінь та навичок, засвоєння моральних норм. Здійснюється робота з перевірки ефективності нововведень, модернізації методів, засобів та форм  навчання. 

   Успішне розв’язання поставлених завдань потребувало створення в університеті структурної та динамічної системи навчання. Подальше вдосконалення структури цієї системи в університеті призвело до створення центральної методичної комісії, а також профільних методичних комісій, що об’єднали однорідні або близькі за профілем дисципліни. У 1997 році створений і обладнаний загальноінститутський (університетський) центральний методичний кабінет – центр планування, організації та обміну досвідом з усієї навчально-методичної роботи і видання потрібних методичних посібників (завідувач – Перепелюк Марія Дмитрівна). Були створені також міжкафедральні предметні комісії, що вивчали питання інтеграції кафедральних програм, забезпечення послідовності навчання.

Велика увага навчальним відділом надається підвищенню педагогічної кваліфікації професорсько-викладацького складу. Щорічно педагогічну кваліфікацію підвищують близько 100 викладачів.

Ефективною можна вважати роботу школи молодого викладача, яка функціонує в університеті з 2000 року. За цей час у школі навчалися понад 500 молодих викладачів, аспірантів та магістрантів.

Особливі зміни у вищій медичній освіти в країні, і зокрема в нашому університеті, відбувались протягом останніх 10 років. За цей період університет більше 10 раз переходив на нові навчальні плани. Впровадження нових планів вимагає від педагогічного колективу вишу значної активізації роботи, опрацювання нових форм проведення і контролю самостійної роботи студентів, широкого використання в навчальному процесі елементів програмного контролю їх знань, ситуаційних і клінічних завдань, тестування знань студентів.

Впровадження нових технологій у навчальний процес зумовило необхідність створення у 2003 році у структурі навчального відділу  інформаційно-аналітичного сектору, який у 2009 році був реорганізований у севтор моніторингу якості освіти та інформаційно-аналітичного забезпечення. Першим завідувачем сектору був Печенюк Валентин Миколайович (2003-2007 рр.), з 2007 року цю посаду обіймає Ткач Єлизавета Петрівна. Співробітниками сектору (Мельничук Олександр Миколайович, Гомон-Островська Ольга Богданівна, Русак Олег Богданович, Мойсюк Олександра Геннадіївна, Повар Мирослава Анатоліївна) забезпечується інформаційний та технічний супровід офіційного сайту університету (www.bsmu.edu.ua), координується діяльність деканатів та кафедр щодо підготовки студентів та лікарів-інтернів до складання ліцензійних інтегрованих іспитів «Крок».

У 2010 році у БДМУ розпочато впровадження дистанційних технологій підтримки навчального процесу за допомогою системи управління навчанням «MOODLE». Створено сервер дистанційного навчання (moodle.bsmu.edu.ua), за допомогою якого студенти можуть через Інтернет ознайомитися з навчальним матеріалом, який подається у вигляді різнотипних інформаційних ресурсів (текст, відео, анімація, презентація, електронний посібник), виконати завдання та відправити результати їх виконання на перевірку викладача. Навчально-методичні матеріали структуровані у вигляді електронних навчальних курсів, яких сьогодні налічується понад 1600, з них 100 англійською мовою; загальний обсяг електронної навчальної інформації становить близько 600 Гб. Понад 90% студентів і лікарів (провізорів)-інтернів використовують сервер під час підготовки до навчальних занять. На сервері щодня реєструється близько 5000 відвідувачів.

Навчальним відділом приділяється значна увага підготовці студентів до участі у Всеукраїнській студентській олімпіаді. Університет входить до трійки лідерів за кількістю студентів-призерів, зокрема у 2011-2012 н.р. - вісім студентів, а у 2012-2013 н.р. – сім студентів стали призерами ІІ етапу Олімпіади.

Перспективним напрямом в удосконаленні організації навчального процесу є впровадження «Електронного журналу успішності» (ez.bsmu.edu.ua), основне призначення якого є об’єктивізація результатів оцінювання студентів та автоматизація процесів аналізу результатів успішності.

За активне впровадження у навчально-виховний процес педагогічних новацій та нових освітніх технологій у 2012 році на Міжнародній виставці «Освіта і кар’єра» Буковинський державний медичний університет нагороджено Золотою медаллю і Дипломом у номінації «Компетентністний підхід в освітній діяльності вищої школи України». У цьому ж 2012 році університет отримав Диплом і Почесне звання «Лідер національної освіти».

На Міжнародній виставці «Сучасні заклади освіти – 2014» університет нагороджений Золотою медаллю та дипломом у номінації “Сучасні програми, інноваційні підходи та рішення для підвищення якості освіти”.